Los pacientes con el complejo de Eisenmenger viven, con frecuencia, vidas largas y activas.  Pero, deben evitar las situaciones donde se reduce la resistencia al flujo de sangre del corazón a los tejidos.  Si esto sucede, los niveles de oxígeno en la sangre pueden bajar peligrosamente (hipoxemia), y puede causar la muerte del paciente.

Los pacientes deben evitar la deshidratación, las alturas, las infecciones respiratorias como la gripe, la inmersión súbita en agua fría, el uso de drogas, el embarazo (ver información adicional), la exposición prolongada a calor externo o a la fiebre, el uso de aspirina u otras drogas anti-inflamatorias que promueven el sangrado, y ciertas formas de anestesia. Con el tiempo, el paciente con complejo de Eisenmenger puede desarrollar arritmias y  tendencia al sangrado.